南丫島海難調查委員會公布長達二百多頁的報告。指出南丫四號迅速沉沒，以及多人死亡，與海事處驗船接二連三出錯或疏忽，及港燈沒遵從法例要求，做好安全措施有關。至於造成撞船的原因，就因為法庭正進行刑事檢控，未有公布。
南丫海難調查委員會報告公布，當中公眾最關心的是有關為何會造成撞船的原因，因兩名船長已被檢控，政府將有關部分刪除。公開的報告內容，提出南丫四號為何那麼快沉沒和造成多人死亡的原因。
報告指出，南丫四號上甲板層座椅的固定裝置鬆脫是乘客罹難的原因之一。報告批評船廠只用自攻螺絲，將座椅安裝在用纖維板或發泡膠夾層製造的甲板，完全不恰當。艘船傾斜後，有越來越多座椅鬆脫，乘客及座椅被拋到船艙後端，乘客因而受傷及受困。報告認為海事處96年驗船後，指南丫四號的座椅「妥為穩固」，令人費解，並點名批評當年負責的海事處高級驗船督察余極全「樂得無知」，只是選了數張椅子用力按便當完成檢測。
另一個造成多人死亡的原因是南丫四號無按法例配備兒童救生衣。報告點名批評，海事處高級驗船督察黃鑑指自己去年5月驗船時，曾點算船上兒童救生衣的證供不是事實，又批評海事處，沒有要求船隻按法律配備兒童救生衣，令人非常失望及驚訝，而這個決定欠缺書面記錄理由是完全不能接受。
報告認為，南丫四號從設計、建造及檢驗步驟，每個階段都接二連三有許多人犯錯，是南丫四號迅速下沉的原因。
而造船的財利船廠，早在96年已留意到南丫四號圖則含糊，水密艙設計和破艙穩定性計算混亂，卻沒理會而繼續工作，引發日後連串錯誤發生，令人完全無法接受。
報告又批評海事處由95年起，多次上船檢查，均未發現船隻沒有裝設水密門，計算傾斜和破艙穩定性時，皆沒有發現錯失。
南丫四號事發時只有三名船員，報告批評港燈沒有根據驗船證明書規定，為南丫四號安排最少四名船員。作為信譽悠久的公用事業公司亦違反這個要求，令人遺憾。
