事故後，有自稱是前車D3115司機朋友在微博透露，司機當時遵照調度中心指令，和網上流傳的調度文件吻合，暗示是中心有人員疏忽導致意外。
列車追撞後，前車D3115的司機非常擔心，一直強調自己沒有做錯。有自稱是前車司機朋友在微博說，前車司機目前處於消息閉塞狀態，估計是被當局控制，希望尋求有良知的媒體公開真相，又說意外完全可以避免，暗示是調度疏忽出錯。
他透露，司機在8點19分遇紅燈，轉用目視模式行車，時速20公里，期間他曾經向溫州南站反映區間訊號不穩定，得到答覆說後面的D301已開車，要求他繼續以目視模式開車。
他的說法與網上流傳，兩架列車的調度文件吻合。內容指調度員曾經提醒後車司機，說D3115列車在區間要注意，當時後車司機應答知道。不過調度員一直沒有要求後車停車。
文件顯示，前車8時31分報告曾經停車和減慢車速。但調度中心在37分才通知後車截電，並沒下令煞車，結果造成追撞。
此外，撞向前車的D301列車，在7月1日鐵路調圖後剛剛開通，懷疑當局縮短了安全區間距離。
鐵道部的專家組，目前鎖定調查信號和防護系統。中國鐵路通信信號集團發言人楊萬智認為，防護系統甚少故障，質疑是信號系統未成熟，導致在關鍵時刻發揮不到作用。
列車採用的信號系統CTCS，是由中國鐵路通信信號集團自主研發，集團已派人到溫州調查。由於內地時速200至250公里的動車都用這種系統，京滬、武廣等鐵路全部要排查。
