淨化海港計劃第二期斥資171億，包括建造全港最深的污水隧道，預計2015年啟用，屆時可以處理維港兩岸產生的所有污水。
淨化海港工程其中一條污水隧道，連接北角至昂船洲的污水處理廠，隧道全長12公里，工程進行了四年，大約六成已完成。期間，要進行逾千次爆破，隧道的深度在海平面以下約140至160米，避免影響現有的樓宇結構和地鐵。
渠務署指，工程最大的困難是處理水壓，如果控制不好，即使有一滴水，壓力都可以射穿手掌。
全條污水隧道最深是北角至灣仔段，於在海平面下163.8米，大約50層樓的距離。
淨化海港工程第二期，包括提升埋昂船洲污水處理廠的處理能力，由目前每日170萬立方米提升至245立方米。
預計工程完成後，維港水質會大為改善，大腸桿菌數量減少百分之99，淤泥每日可減少800至1000噸。
