阿拉法特死因調查展開之際，以色列一份報章，月初獲解禁，刊登12年前跟一名以色列特工做的訪問。該名特工當時指，在1988年被派往突尼斯，槍殺和阿拉法特一同創立巴勒斯坦解放組織的第二號人物杰哈德。
以色列政府不再阻撓報章刊登這個訪問，等同承認暗殺杰哈德的指控。
阿拉伯世界亦一直指，是以色列毒死阿拉法特。不過，阿拉法特已死去八年，到現在才調查，而且開棺驗屍有違伊斯蘭傳統，在巴勒斯坦人中引起爭議。
阿拉法特的死因，再次成為國際議題，源於阿拉法特遺孀蘇哈，今年七月突然接受訪問，指丈夫是死於釙21。
但蘇哈當年，曾經強烈反對驗屍，現在又支持，引起猜測，指她可能是不滿未能繼承丈夫遺產，嫌巴勒斯坦當局給予的生活費不夠，甚至想插手巴勒斯坦領導層內部鬥爭，夥同反對派系，將巴勒斯坦自治政府主席阿巴斯拉下馬。
有關今次調查的陰謀論還有很多。一直低調的阿拉法特妹妹，近日突然露面，公開表示反對開棺。
分析指，是巴勒斯坦領導層中，有人不想驗屍，才推阿拉法特妹妹出來。因為如果阿拉法特證實被毒死，當年他身邊一定有內鬼下毒，巴勒斯坦領導層中有人要負責。
又有分析指，事件是卡塔爾和美國的陰謀，想借此增加在中東的影響力。
