鐵道部表示，全國有58個車站，使用同溫州南站相同的信號設備，外界質疑內地鐵路的安全問題。
上海鐵路局在國務院調查組第一次全體會議上，初步認為導致溫州列車事故其中一個原因，是車站使用的信號設備，在設計上有嚴重缺陷。調查組副組長、鐵道部副部長彭開宙在會上透露，全國鐵路有58個車站、18個中基站，使用同溫州南站相同的信號設備。當局在星期日凌晨，已安排專人持續監控列車運行和設備的狀況，發現故障立即停運，並在星期三完成檢查維修。
不過有評論質疑，當局不即時下令信號系統設計有問題的列車班次停駛，是草菅人命，亦不能保證，設備還有無其他紕漏。
