有分析認為，保釣行動的成員成功登上釣魚島，是日方過於鬆懈，但亦有評論認為，透過拘捕行動，日方不僅是宣示主權，而是行使主權，事件的後續，可能會嚴重衝擊中日關係。
保釣行動成員成功登島，馮祖健認為，日方明顯對啟豐二號掉以輕心，但有熟悉日本國情的專家指，日本保安廳派出多艘船隻，不可能攔截不到啟豐二號。又指日方人員沒有登上啟豐二號，可能是基於安全考慮，即使成功武力登船，亦憂心會出現肢體碰撞，所以情願放行保釣行動成員。
評論又認為，日方透過拘捕行動，實際上已經不只是宣示主權，而是行使主權。被捕的保釣成員如果受審，日本是行使了裁判權，具有實際意義。北京方面必定會出面，繼而觸發中日外交角力。
分析又認為，今次釣魚島事件適逢日本終戰紀念日，加上南韓總統李明博早前登上日韓有爭議的獨島，勢必令到日本民眾，要求派遣自衛隊或海上保安廳到釣魚島的輿論升溫，釣魚島問題會變得複雜，亦會嚴重衝擊中日關係。
中方可能被迫改變一直對釣魚島爭拗所持的觀望態度，中方應該會透過外交途徑要求日方釋放保釣行動成員，事件相信會掀起全中國反日情緒，影響中日貿易投資。
