審計報告發現，東隧公司並無按照路政署的規定，在通車十五年後進行主要檢查，又質疑運輸署在鐵路站附近興建的公共交通交匯處，使用率偏低。
香港的行車道路網，不少都是七、八十年代興建，踏入老化階段，何時要檢查，路政署在02年引入新規定。所有行車隧道，通車十五年就要進行主要檢查。89年通車的東區海底隧道，04年應該要自費進行主要檢查，但隧道公司並無這樣做。
路政署其後在05年和07年兩次敦促公司要履行責任，但公司回覆指，已經履行責任，沒計畫再進行主要檢查。
到六年後，即2010年，隧道公司才表示，做了類似的檢查。但方式與路政署要求並不相同。
審計署指出，大欖隧道和西隧，分別在2012和13年到期，基於公眾安全，路政署要採取有效措施確保兩間公司會進行檢查。
為了確保行車天橋結構安全，02年政府委託的顧問建議，通車超過廿五年後，天橋要每十年大檢一次，但路政署04年就以顧問報告太保守，亦不夠資源這樣做為理由，決定不跟隨，但署方一直沒定立，應以什麼準則去檢查，到今年才成立小組進行研究。
另外，審計報告又批評，在鐵路站附近的運輸交匯處，使用率低。例如在調景嶺站，健明邨附近的交匯處，04年落成後一直沒有公共交通工具使用，到去年才有兩條特別路線上落客，成日才得六班車使用。
這個花了近三千萬元興建的交匯處，審計署兩次實地考察，早上繁忙時間，一小時只有14和16輛車，64和105人上落。
由於使用率低，審計署發現有居民，在這裏耍太極和打羽毛球。出現這情況，是因為在調景嶺站側邊，就有另一個由港鐵負責興建的交匯處。運輸署亦承認，是因為兩個交匯處太近，以致使用率偏低。
審計署要求運輸署，要想辦法善用設施，令運輸交匯處更具成本效益，工程施工前，應先完成設計和諮詢。
