有專家擔心，東電取出核燃料棒的過程，未必這麼順利；而要永久處理這些核燃料棒，對東電來說，亦是一大難題，稍有差池，可能會引發災難性後果。
東電選擇先取出福島核電站四號機組的核燃料棒，主要原因是因為在311大地震發生時，四號機組正在停止運作，受損程度最低。加上目前一至三號機組內的核輻射水平，是四號機組的數百倍，幾乎沒有人能夠進入。首先移走四號機組的核燃料棒，相對容易得多。
不過日本傳媒引述當地核能專家指，四號機組內亦有小部分核燃料棒一早損毀，假如核燃料棒在移走過程中破碎，或者裡面的放射性物質擴散，將會是很危險。
而東京電力公司兩年前已經研究，如何拿出核燃料棒，但到數日前才臨時追加實證試驗。專家認為，東電未有再在實證試驗的基礎上，評估風險。
即使順利取出核燃料棒，安置和儲存仍然存有難度。專家指出，如果核燃料棒取出之後不立即封存，就必須暫時放在類似核燃料池的巨型水池內冷卻。
不過這個只是臨時過度方法，最終的儲存方法只有將核燃料棒，放入密封的容器內，再埋在四百米深的地底內。但對日本來說，由於地質構造問題，並非任何一個地方都適合掩埋核燃料棒。一旦稍為儲存不當，有可能會引發災難。
因此究竟日本會用什麼方法，永久處理這些核燃料棒，仍然是未知之數。加上之前處理核污水洩漏難題時，東電都顯得束手無策，日本民眾都擔心今次要移走核燃料棒，東電是否處理得來。
