台灣軍方及海巡署在事故發生的南海海域演習，展示護漁決心，是台灣軍方第一次，以菲律賓為假想敵進行海空聯合演習。
搭載實彈的幻影二千戰機，配合台灣海軍及海巡署的6艘艦艇，在菲律賓巴丹島附近海域，進行以護漁為主軸的演習。
演習在早上8時開始，由海軍S-70C反潛直升機，從海軍的承德艦起飛，拉開序幕。直升機聯同海軍現役最大的紀德級驅逐艦馬公艦，以及海巡署的偉星艦，透過雷達、聲納等裝備，監察和偵測敵方的行動。
台灣4艘快艇扮作菲律賓快艇，向馬公艦發動攻擊，全副武裝的馬公艦就與承德艦模擬開火還擊。
IDF經國號戰機在空中盤旋監視，掩護海上的軍艦。E-2K空中預警機則執行早期預警、攔截管制等工作，訓練海空的配合能力。
演習更包括海上人道救援聯合搜救，以及兩架幻影戰機，聯合各艦艇執行聯合策護任務。
今次演習，是台灣的海軍首次以菲律賓為假敵的海空聯合演習。上午的演習結束後，馬公艦等艦艇返航，留下海巡署的台南艦。返航途中繼續進行，反艦操縯和防空備戰演練。
演習之前，馬公艦在凌晨3時50分左右，越過北緯20度，即是台灣和菲律賓的暫定執法線護漁南界，之後繼續向南航行，擴大護漁範圍，向菲律賓宣示雙方重叠經濟海域的護漁權，直到越過護漁南界12海里才折返。
海巡署的艦艇一向都不會越過護漁南界，台灣漁船在該處會被菲律賓公務船扣留和罰款。其間，艦上雷達並無發現菲律賓軍機或者船艦的蹤影。
