教宗就職彌撒，亦為梵蒂岡帶來外交風波。
因為獨裁統治、違反人權的津巴布韋總統穆加貝，本來被歐盟禁止入境，但卻成功飛到羅馬機場，抵達梵蒂岡，參加就職彌撒。
教廷發言人指，無邀請任何人出席教宗就職彌撒，但亦不會拒絕人來。
另外，跟梵蒂岡有邦交的台灣，馬英九總統亦帶同夫人來到。對於大陸再次要求梵蒂岡和台灣斷交，馬英九批評大陸不放過任何機會，打壓台灣的外交空間。
馬英九在羅馬視察台灣駐意大利代表處時，首次提及大陸當局日前再度要求教廷，斷絕和台灣的外交關係。
其後他在晚宴上重申，他一直致力維持台海不統、不獨、不武的現狀，並在九二共識的基礎上，推動兩岸和平發展。
梵蒂岡和台灣的外交關係，始自1942年的蔣介石時代，是目前唯一與台灣建交的歐洲國家，馬英九和夫人周美青此行備受注目。他們到埗後，依照國際慣例，受到高規格待遇，但馬英九為免得失大陸，令教廷和意大利為難，一直保持低調。
馬英九2008年上任以來，只是到五個中南美洲國家，參加總統就職典禮，今次是他第一次出訪歐洲，亦令他成為第一個出席教宗就職彌撒的台灣領導人。
2005年，前總統陳水扁都曾去梵蒂岡，不過當時是出席已故教宗若望保祿二世的喪禮，行程只限於梵蒂岡。有評論認為，馬英九此行雖然令大陸不滿，但或多或少可以削弱在野黨對他的攻擊。
民進黨主席蘇貞昌指，今次馬英九出訪是好事，希望台灣外交走得更遠更廣，不會被邊緣化。
