釣魚島爭議，台北當局的態度同樣受關注。台灣除了不承認美國將釣魚島交給日本外，馬英九未當選總統前，更一度表示為保釣魚台，政府應該不惜一戰。
台灣一向主張擁有釣魚島的主權。早在1971年，美國將釣魚島聯同琉球群島交給日本時，台灣已表示不承認這個做法。
不過，2002年，李登輝前總統卸任後突然改口，指釣魚島是日本領土，令輿論嘩然。陳水扁回應時，就指釣魚島「縱使地方不大，也是我們的一部分」。
台北當局在04年，正式將釣魚島編入宜蘭縣管轄。但台灣漁船在附近水域捕漁時，仍然經常遭到日方巡邏船驅趕，引起台灣漁業界不滿。
05年6月，台灣漁船集體駛到海域抗議，並一度包圍日本巡邏船，台灣政界積極回應。立法院長王金平、國防部長李傑及14位立委乘坐軍艦，到釣魚島附近宣示主權。陳水扁其後亦前往彭佳嶼，遠望釣魚島宣示主權。
時任台北市長的馬英九，更指政府應該有「不惜一戰」的立場。不過，馬英九就任總統後，就鮮有再擺出強硬姿態。
08年，台灣漁船聯合號在釣魚島附近遭日本艦艇撞沉，船長遭到扣押。行政院長劉兆玄回應政府是否不惜一戰時澄清，不惜一戰是外交途徑失敗後才會用的最後手段。
不過，當民間保釣人士前往釣魚島抗議並宣示主權時，台灣當局亦有派出巡邏船護航。保釣船最終成功突破日方阻撓，繞島航行一圈，但並無登島。日方其後釋放漁船船長，道歉並賠償。
