今次事故，傷亡人數、事發原因以至調查過程，都引起很多質疑。
中央電視台主播秦方在報道時，都忍不住哭起來，提出事故的幾大疑問。路透社報道，中共中央宣傳部，事發後對內地媒體發指令，要求以大災面前有大愛為報道主題，不要提出質疑，不要鏈接高鐵發展相關信息，又要求媒體不派記者去實地採訪，不要調查事故原因，提醒報道應以官方信息發布為準。
事實上，中央電視台今日的報道，涉及追究意外原因、調查進度的篇幅極少，大部分都是表揚意外中的感人故事。
央視亦緊貼報道獲救的兩歲半女童項煒伊的情況，她情況穩定，不用截肢。但央視報道沒有提及的，是原來伊伊能夠所以獲救，全賴一名特警隊長違抗命令。
溫州鐵路事故，鐵道部被質疑，為了盡早恢復通車而放棄救援，幾乎令被困在車廂內20小時的女童項煒伊失去獲救的機會。
內地傳媒報道，伊伊獲救，全賴一名特警隊長違抗命令。在事發現場，橙色衫是鐵道部派來清理殘骸的人員，無論搬運還是切割車箱，都由他們負責。在外圍的則是溫州市政府的公安部門，他們除了維持秩序，亦負責搜救工作。
被困車廂殘骸20小時的女童項煒伊獲救，全靠這班公安人員，溫州市特警支隊隊長邵曳戎違抗指令，堅持在原地清理車廂，伊伊才有幸獲救。
邵曳戎接受內地傳媒訪問時表示，他在星期日下午，指揮部宣布車廂內再沒有生命跡象，要結束救援後收到指令，要用吊機將車廂吊到橋底清理。
但他認為，車廂內可能還有生還者，堅拒執行指令，還反問指不知道裏面還有沒有生命，萬一有生命，但因清理車廂造成人命傷亡，如何向人家交代？
不少死傷者都是溫州人，看到同鄉失去親屬，他們也盡量給予協助。
