貨櫃車業界表示，假如改走東隧，單是柴油開支已多數十元，而且政府三個方案，亦會增加他們的負擔。有私家車司機則說，是否改走東隧，要視乎日後會否塞車。
無論政府採用哪個方案，私家車日後走東隧亦可以便宜一點，有司機擔心日後車程增加又塞車，未必會選擇東隧。
小巴經紅隧過海，現在收10元，日後就可能要付13至25元，有小巴司機表示，他們不能隨便更改路線，變相增加成本，有可能要加車費彌補。
3個方案影響最大的是貨車，如果以一架五軸貨車計，現時經紅隧過海大約是50元，無論日後使用哪個方案，走紅隧或東隧，亦要付多些隧道費，行東隧更可能是雙重損失。
落馬洲中港貨運聯會主席蔣志偉又批評，政府補貼東隧收益，有利益輸送的嫌疑。
