登島事件惹發中日外交角力，中國和日本互相傳召對方大使，提出抗議，中國外交部副部長傅瑩要求日方立即無條件放人。
有分析認為，保釣人士能夠成功登島，是因為日本蓄意放行，之後才採取拘捕行動，以凸顯日方在島嶼上的實際控制權。
日本傳媒報道，日本沖繩縣警方以不法入國罪，拘捕七名登上釣魚島的保釣人士，他們會在今天被移送到沖繩那霸市接受調查。
其餘沒有登島的人，包括隨船的兩名記者，亦被指非法侵入日本領土，被日本當局拘捕，一併送到那霸市調查。
日本警方透露，被捕的14人移送到警署後，會在48小時內，轉交日方檢察部門，檢察部門之後會在24小時內，決定釋放他們，或繼續拘留。若是選擇繼續拘留，日方需要在20天之內，決定是否提出起訴。
在登島事件發生後，中日兩國互相傳召對方大使提出抗議。新華社星期三晚報道，外交部副部長傅瑩就日方在釣魚島非法拘捕中國公民事件，緊急召見日本駐華大使丹羽宇一郎，並與日本外務省副大臣山口壯通電話，提出嚴正交涉。
傅瑩重申，中國擁有釣魚島同附屬島嶼主權的立場，要求日方確保14名被捕中國公民的安全，以及立即無條件放人，又重申中國擁有釣魚島及附屬島嶼主權的立場。
在日本，外務省事務次官佐佐江賢一郎於當晚，亦傳召中國駐日大使程永華，就登島事件提出抗議。
外務省還宣布，取消亞洲大洋洲局長杉山晉輔，原定在今日訪問中國的行程。首相野田佳彥亦態度強硬，指要對登島人士，依法嚴肅處理。
內閣官房長官藤村修就表示，日方事前已經再三作出警告，對於有關人士仍然強行上島，深感遺憾，重申日本在尖閣諸島的主權。他又指出，會透過外交渠道，向中國及香港當局提出抗議。
東京都知事石原慎太郎就認為，野田佳彥應該要親自去尖閣諸島視察，指首相這個時候還不去，就是怠慢。他重申，登島事件不會影響東京都政府買島的計劃。
保釣船啟豐二號能夠衝出日艦包圍，成員成功登島，有分析認為，日本方面完全有能力，阻攔保釣船登島，今次是故意放行。
內地傳媒引述，日本中文報章新華僑報總編輯蔣豐表示，相信日本故意採取相對讓步的做法，容許保釣人士成功登島，然後再表明，保釣人士是被事前已登島的日本警方及海上保安廳人員逮捕，凸顯日方對釣魚島的實際控制。
