有分析認為，保釣行動的成員成功登上釣魚島，是日方過於鬆懈，但亦有評論認為，透過拘捕行動，日方不僅是宣示主權，而是行使主權，事件的後續，可能會嚴重衝擊中日關係。
保釣行動成員成功登島，港大政治及行政學系導師馮祖健認為，日方明顯對啟豐二號掉以輕心。
但有熟悉日本國情的專家就指，日本保安廳派出多艘船隻，無可能攔截不到啟豐二號，又指日方人員無登上啟豐二號，可能是基於安全考慮。即使成功武力登船，都憂心會有肢體碰撞，所以情願放行保釣行動的成員。
評論又認為，日方透過拘捕行動，實際上已經不單是宣示主權，而是行使主權。被捕的保釣成員如果受審，日本行使了裁判權，具有實際意義，北京方面必定會出面，繼而觸發中日外交角力。分析又認為，今次釣魚島事件適逢日本的終戰紀念日，加上南韓總統李明博早前登上日韓有爭議的獨島，勢必令到日本民眾，要求派遺自衛隊或海上保安廳到釣魚島的輿論升溫釣魚島問題會變得複雜，亦會嚴重衝擊中日關係。
中方因此可能被迫改變一直對釣魚島爭拗所持的觀望態度，中方應該會透過外交途徑，要求日方釋放保釣行動的成員，事件相信會掀起全中國的反日情緒，影響中日貿易投資。
