埃及再次變天後，穆爾西所屬的穆斯林兄弟會懷疑遭秋後算帳，至少兩名高層被捕，數百名成員被通緝，經營的電視台停播，可能激發兄弟會重回街頭抗爭。
經歷阿拉伯之春，穆爾西去年六月憑五成一選票當選總統，成為埃及首位民選兼文人總統，但上任一年就被軍方推翻，令政局重陷混亂。
有穆爾西支持者在首都開羅上街，聲言不肯重回軍事統治。外電報道，多處有支持和反對穆爾西的示威者衝突，至少十多人死亡，數百人受傷。軍方派出戰鬥部隊和坦克，嚴防穆爾西支持者鬧事。
穆爾西所屬的穆斯林兄弟會指，有不明人士向他們的集會開槍和投擲氣油彈，又譴責軍方發動可恥的政變，不止推翻總統，亦不尊重憲法和民意，更指穆爾西支持者願意做死士，但強調不會訴諸暴力。
政變後，穆斯林兄弟會懷疑遭軍方清算。旗下的自由與正義黨主席卡塔特尼，和最高決策機構指導局的副主席巴尤米被捕，分析認為，目的是防止兄弟會領導人號召支持者發難。
國營傳媒報道，另有三百名兄弟會成員涉嫌煽動騷亂被通緝。軍方並且下令三間伊斯蘭電視台停播，其中一間由穆斯林兄弟會經營。連串秋後算帳行動可能激發穆斯林兄弟會重回街頭抗爭。
分析認為，穆爾西成為短命總統，反映這個有伊斯蘭背景的政府不得民心，尤其是與世俗派分歧嚴重，加上經濟民生遲遲沒有改善，促使民眾再次上街。
今次軍方將穆爾西拉下台，令到埃及政治過渡進程重回起點，重新選舉將引發新一輪政治角力，令局勢持續不明朗。
國際社會都不約而同迴避譴責今次政變。聯合國秘書長潘基文表示，關注軍方介入政局，呼籲各方冷靜克制。
美國總統奧巴馬亦沒有用「政變」的字眼，只要求埃及盡快還權於民選政府，又指美國會重新考慮對埃及的援助。
