在台灣，法務部表示，仍就漁船遭槍擊事件，跟菲律賓當局協商以展開共同調查，一旦有具體方案，會再派調查人員赴菲律賓。法務部又提出證據，指菲方人員有故意殺人的嫌疑。
法務部召開記者會，展示廣大興28號漁船中彈照片，證明漁民洪石成遇害並非誤殺。法務部政務次官陳明堂表示，船身有四十多處彈孔，但在洪石成等人匿藏的船艙，和上面的駕駛艙，左邊所在的五公尺範圍內，就有24個彈孔，明顯菲方人員，集中向漁船上有人匿埋的地方開火，所以法務部認為，菲方人員有故意殺人的嫌疑。
又指依據海洋公約，廣大興28號當日出事的位置，是台灣專屬經濟區。陳明堂說，菲方的調查報告，尚未轉交予台方；但有菲律賓傳媒引述調查部門指，當日廣大興28號曾經撞向菲律賓的船隻。但法務部指，漁船上並沒碰撞的痕迹，所以這個說法並不正確。
陳明堂表示，台菲雙方，仍就合作調查積極協商，希望在近日內，能夠獲得具體的方案。措施出台以後，就會再派調查人員前赴菲律賓。法務部強調，共同調查並不會侵害菲律賓及台灣的司法權，若分開調查，各說各話，反而難以找出真相，呼籲菲方盡快跟台方人員合作。
台灣早前派出調查小組，前赴菲律賓，但只是兩天，周六就返回台灣。調查團團長、法務部國際司長陳文琪批評，菲律賓當局態度反覆，拖延敷衍，台灣的外交部長林永樂周日已表示，菲律賓司法部已明確表明，雙方可以合作、平行調查，在此架構下進行司法互助。
