有海事專家指，按南丫四號下沉的情況觀察，未必是被攔腰撞到，而是如海事處初步調查，被撞及船尾。專家又說，按航海慣例，撞船事故後，船隻應先在海上檢查，而非駛離現場。
出事的港燈船是兩層客船，可以載二百人。客船被打撈上水面後，清楚見到左邊船尾嚴重損毀，但船身中段就比較完好。
海事訓練學院經理楊沛強表示，事故之後客船的船尾向下沉，相信客船當時好可能是船尾被撞，而不是船公司所說的攔腰相撞。
楊沛強指，港九小輪屬於高速雙體船，可以快速轉向和減速，閃避能力應較客船高。而事發當晚天色不錯，視野亦好清晰，意外相信與天氣無關。
對於港燈指，港九小輪在事故後不顧而去，楊沛強指，按照海事慣例，船長在撞船之後，應該先在原地檢查船隻，毋須立即埋岸。
他又說，即使船隻入水，船長都可以開啟水泵抽水，讓船隻繼續航行。
