在台灣，有動物組織公開文件，指早在兩年前，彰化縣已有雞場爆發高致病性禽流感，但有關方面仍對外宣稱是低致病性，是存心隱瞞，而彰化亦再有雞場懷疑爆發禽流感。
最新一個懷疑爆發禽流感疫情的雞場位於彰化竹塘鄉，該雞場星期一有百多隻雞死亡，當局已經派人採集樣本，雞場內6000隻活雞和雞蛋都不可以運出。
至於最先爆發H5N2高致病性禽流感的芳苑鄉雞場，方圓3公里的205個雞場，只有約一半採集了樣本，還有約150個雞場需要驗低致病性病源。由於只有25獸醫專責檢驗，估計檢驗全部雞場須3個月時間。
有動物組織公開農委會的機密文件，指早在2010年初，彰化縣有農場病毒數據已符合OIE、即是世界動物衛生組織的高致病性標準，但農委會仍對外宣稱只是低致病性，該組織批評當局是存心隱瞞。
當局早前公布高致病性禽流感後，外界已有質疑是隱瞞疫情，但行政院長陳沖表示，彰化去年底爆發禽流感時，農委會等在無法確認是否高致病性病毒時仍然按規定通報，所以沒有隱瞞的問題。但他承認，農委會在判斷病毒性質和採取撲殺措施的速度上，的確是慢了。
當局指，農委會在去年 12月27日在發現相關案例後，今年1月10日將初步檢驗結果通報世界動物衛生組織，由於未確定是否高致病性病毒，在經過2次專家會議後，直至3月1日才確認是高致病性，強調絕對沒有隱瞞。
