天主教香港教區就校本條例，上訴至終審法院，法官一致裁定教區敗訴。
法官在判詞中指出，校本條例並沒有直接傷害辦學團體在學校內的宗教活動，教區仍可自由委任法團校董會內大多數成員，可保障宗教活動免受干預。
教區早前認為，基本法列明，宗教組織可按原有辦法繼續辦學，擔心外人加入法團校董會，會影響校內宗教氣氛。
但政府則指，基本法雖容許宗教團體按原有方法辦學，但不包括學校的控制及管理權，所以政府推行校本條例，規定所有資助學校成立法團校董會，加入教師、校友及家長等代表，並無問題。
天主教香港教區在原審和上訴均被判敗訴，教區不服上訴至終審法院。
