這次台灣漁船廣大興28號遭菲律賓海岸防衛隊槍擊事件，有台灣立委質疑指，大陸與菲律賓的船隻，曾經因為南沙群島的黃岩島發生對峙，估計今次可能是菲律賓方面，將台灣的漁船，誤當為大陸漁船。
大陸媒體《環球時報》社評分析指，菲律賓在黃岩島等衝突事件中，受制於大陸，於是向台灣方面發洩。分析又指，菲律賓通過掃射台灣漁船，顯示自己的意志和決心，強化針對與大陸的談判地位，維護本身國內的士氣。
社評亦稱，如果台灣完全依靠一己之力，同菲律賓交涉，事情的最終結果，只能是不了了之，菲律賓最多給一點補償。但台灣當局藉大陸之力，捍衛漁民利益的可能性很小，馬英九政府害怕對外造成台灣與大陸聯手維權的印象，所以大陸方面，既要給馬英九政府留面子，也要從中華民族的大義出發，以單獨行動對菲律賓施加強大壓力。只要證實射殺台灣漁民是菲律賓海軍所做，大陸就應加強在和菲律賓有爭議海域的軍艦活動，向菲律賓方面示威。
大陸在南海主權問題上，一直未有鬆懈，日前更首次公布，於1990年3月31日，留在黃岩島上的測量標識照片，展示大陸對黃岩島，持續不斷行政管轄的歷史記錄。
