穆爾西這場選戰贏得一點也不輕鬆，有分析認為，面對軍方加以箝制，以及對手沙菲克未必肯輕易服輸，穆爾西的總統之路將會遇到不少阻力。
加上所屬的穆斯林兄弟會，伊期蘭色彩濃厚，又與巴勒斯坦激進組織哈馬斯過從甚密，令人擔心穆爾西上場會為巴勒斯坦和以色列的關係，增添變數。
現年60歲、在美國受教育的穆爾西，成為埃及首位有伊斯蘭背景的總統。國內不少基督徒，以至無宗教派別的民眾，都很擔心埃及會變成伊斯蘭國家，推出的政策會向伊斯蘭教傾斜。
穆爾西大派定心丸，表明自己是代表埃及民眾，而非穆斯林兄弟會，希望可以釋除民眾疑慮。
國內的問題，除了宗教派系鬥爭外，自去年初爆發茉莉花革命，埃及其中一個主要的經濟產業，旅遊業面臨崩潰，穆爾西可以怎樣重振當地的旅遊業，改善埃及低迷的經濟、通貨膨脹和高企的失業率，恢復社會秩序，將是一個重要的考驗。
前總理沙菲克是否會接受選舉結果亦未知道，如何團結分化的國民，又是一項嚴峻挑戰。
再加上軍方早前宣布解散國會，早前又頒布臨時憲法，軍方是否如期今個月底交出權力，收回總統宣戰等的權力，穆爾西又如何與軍方合作，分響權力，國際社會都非常關注。
國際方面，穆爾西領導的穆斯林兄弟會，紮根埃及超過80年，是當地最大及最古老的反對派之一，與巴勒斯坦激進組織哈馬斯關係良好。穆爾西競選時，亦曾經表示支持巴勒斯坦人民，建立自己的國家。
在加沙，不少巴勒斯坦人就高舉穆爾西畫像及埃及國旗，慶祝穆爾西當選。
不過以色列就並非如此想法，穆斯林兄弟會一直對以色列採取敵對態度。以色列總理內塔尼亞胡發聲明，指尊重埃及民主進程，不過就期望埃及會遵從在1979年簽定的和平條約，維持地區和平。
埃及與以色列的關係，自去年穆巴拉克被逼下台後，開始出現波折，穆爾西上場，令外界擔心，可能會為巴勒斯坦和以色列的關係，增添不明朗因素。
