今次國務院改組，其中一個焦點是大刀闊斧改革鐵路部門，將政企分開，成立中國鐵路公司負責營運，另一個國家鐵路局就負責規劃發展及監督安全，希望提高鐵路運輸效率及安全。
《國務院機構改革和職能轉變方案》指出，中國近年的鐵路發展存在政企不分、與其他交通運輸方式銜接不暢等問題。因此提出，不再保留鐵道部，鐵道部原先擬訂鐵路發展規劃和政策的行政職責，劃入交通運輸部。
交通運輸部以後會負責有關統籌規劃鐵路、公路、水路及民航發展，加快推動發展綜合交通運輸體系等。其餘的行政職責，包括擬訂鐵路技術標準、監督管理鐵路安全生產、運輸服務品質和鐵路工程品質等，就交由新成立的國家鐵路局承擔，國家鐵路局會由交通運輸部管理。
鐵道部原有的企業職責，就會組建中國鐵路總公司接手，負責鐵路運輸統一調度指揮、經營鐵路客貨運輸業務、鐵路建設，以及承擔鐵路安全責任等。
中國鐵路總公司是國家的獨資公司。分析認為，這次改革實際上是將鐵道部的職責一分為三。鐵道部部長盛光祖支持大部制改革，認為有利鐵路發展。
方案又提出，國家會繼續支持鐵路建設發展，加快推動鐵路投資和融資體制改革和運價改革，同時會繼續深化鐵路企業改革，建立現代企業制度。
