政府99年成立創新科技基金推動本地創新技術。審計報告發現基金審批時間太長，令業界失去研發先機，創新科技署亦未有積極收回資助。
政府99年成立創新科技基金，撥款75億元，成立四個資助計劃，推動本地創新技術。審計署分析了過去兩年獲批的創新及科技支援計劃項目申請的處理時間，發現獲第一層撥款平均要192日，第二及第三層撥款平均處理時間為257及162天。審計署認為鑑於創新科技發展日新月異，冗長的處理時間減弱研究人員興趣，窒礙創新科技的發展，建議縮短審批時間。
另一個小型企業研究資助計劃項目分兩階段進行，列明申請者未在限期內完成第二階段項目要退回全部款項。審計署發現，有72個個案涉及2300萬款項，創新科技署未有採取跟進行動收回退款，其中五個個案，由於過了很長時間已無法追討。
而部分獲資助的項目成為商品，政府會收回資助，但在239個項目中，有六成即145個項目是沒有還款，61個項目資助收回率低過一成。
審計署建議創新科技署追查有關公司時要提高警惕，主動偵查懷疑濫用資源的個案，以保障公帑。
