溫州動車事故救援工作備受批評。公眾質疑救援工作太早結束，而小伊伊獲救、車廂遭就地掩埋等消息和片段曝光後，更突顯出當局的決定草率。但調查報告就為部分受到質疑的行動解畫，盼釋除疑慮。
7月24日早上，中央電視台的《朝聞天下》，記者報道在事故發生之後的8小時，整個搜救工作已經結束。
相關報道播出，隨即惹來社會的猛烈批評。調查報告對此解釋，指停止搜救只是媒體誤讀，事實上當時救援工作仍然在進行中，亦從來沒有人下達停止搜救的指令。
同日有報道指，溫州市特警接到指令，要用吊機將車廂吊下來清理，但隊長不答應，堅持要原地清理，結果在下午5時許，在變形的車廂中救出兩歲的項煒伊。
鐵道部的反應，惹來公眾不滿。調查報告解釋，中央指示要堅持把救人放在第一位，因此當搶險救援人員，顧慮到車廂中可能會有倖存者的時候，就決定了要先對橋上的16號車廂進行搜救，然後才吊走。終於成功救出仍然生還的小伊伊。
至於鐵道部在事故第二天，就地挖坑埋車頭和部分殘骸的做法，亦令公眾質疑，認為當局是要銷毀證據。
調查報告指出，上海鐵路局有關負責人，的確有組織挖坑、以就地掩埋受損車頭和散落部件，但行動卻被領導制止了。
到現場視察的副總理張德江，亦明言下令殘骸不能埋。最後車頭和部件都未有被埋，並在之後一天運到溫州西站，集中存放。
