添馬艦政府總部，衞生情況一直被人詬病，包括曾經爆發鼠患。衞生防護中心指，要等進一步化驗結果，才能決定供水系統是否要全面消毒。
新政府總部東翼10至15樓，與孫明揚辦公室私人洗水間共用同一供水系統。除了教育局，還包括政制及內地事務局、保安局、環境局和政府總部數據中心。衞生防護中心會先化驗這些地方。
至於添馬艦新政府總部，是否需要整幢消毒，及是否需要更換供水系統，需要進一步研究。政府會採取即時措施，控制細菌傳播。
添馬艦新政府總部，今年8月有首個部門入伙，但建築工人仍在趕工，而且有不少衞生問題，包括有鼠患及蚊患。至於孫明揚的教育局，則在11月28日才遷入。
