終審法院駁回天主教香港教區就《校本條例》提出的上訴。法官一致認為，《校本條例》無直接干預辦學團體的宗教活動，亦沒有削弱學校的管理權，無違反基本法。
《校本條例》的官司拖拉了六年，終於有終極判決。終審法院頒下判詞，五名法官一致裁定天主教香港教區敗訴，認為《校本條例》沒有違反基本法第141條中，有關宗教團體可按原有辦法繼續辦學的條文。
《校本條例》規定，所有資助學校要成立法團校董會，當中四成代表是教師、家長及校友。
天主教香港教區擔心，有外人加入法團校董會，會削弱辦學團體的話事權，影響辦學理念及校內的宗教氣氛。
法官否定教區的講法，認為基本法的保障範圍，不包括辦學團體有權委任學校所有管理層，包括校監及校長。
在《校本條例》下，教區仍然可以自由委任法團校董會中大多數的成員，可全面管理學校。
法官同時認為，條例無妨礙教區在學校宣揚宗教理念，宗教活動可以免受干預。因此裁定《校本條例》沒有違憲。
終審法院常任法官包致金在判詞中特別提到，希望政府和教區能放下《校本條例》帶來的紛爭。
