國務院調查組第一次全體會議結束，上海鐵路局表示，造成事故的原因是列車信號設備在設計上，存在嚴重缺陷，加上值班人員培訓不足，導致慘劇發生。
國務院就溫州鐵路事故成立的調查組，在溫州召開第一次全體會議。上海鐵路局局長安路生說，初步分析事故原因，與信號設備設計出錯有關。安路生表示，電務值班人員沒有意識到，信號可能錯誤顯示，而溫州南站值班員亦未能及時發現信號出錯，通知相關列車。事故顯示設備品質和現場控制都有問題，人員培訓和安全意識不足，反映鐵道部門的安全管理不到位。
出任調查組組長的國家安監總局局長駱琳表示，將高度重視媒體網友提出的疑問，徹查事故原因，預計報告可以在九月中完成，向社會公布。
存在缺陷的信號設備，由北京全路通號研究設計院設計，零九年九月投入使用。設計院向死傷者和家屬發出道歉信，表示會積極配合調查，承擔和追究相關人士的責任。
內地傳媒報道，設備硬件來自卡斯柯信號公司，經檢查後並無問題，問題出在軟件上，由中國鐵路通號集團提供。集團不單止負責甬溫線的通信、信號、電力供應、牽引供電的系統工程，還幾乎壟斷整個行業。中國高鐵絕大部分線路，以至廣深、廣珠城際、青藏鐵路，以及北京、上海、廣州、南京等地多條地鐵路線的通信和信號等系統工程，通號都有參與。
