菲律賓槍殺台灣漁民事件，菲律賓的初步調查堅稱台灣漁船企圖撞擊公務船，才開槍誤殺漁民，台灣反駁指菲律賓冷血殺人，到達馬尼拉的台灣調查小組仍未獲准搜證。
去到馬尼拉的台灣跨部門調查小組遭到菲律賓司法部門拒絕，未能展開聯合調查，他們表示暫時未接到返回台灣的通知，會繼續與當局協商，希望透過司法互助協議，查清事件真相。
菲律賓的國家調查局亦準備好派員到台灣調查遭槍擊漁船，不過台灣的法務部表示，如果菲律賓不同意聯合調查，就不會批准對方到訪。
另外，菲律賓向外界展示，懷疑掃射台灣漁船的十多支槍，包括八支M16、六支M14步槍，以及一支機槍，調查局指會進行彈道比對，釐清案情，暫時不會公開事發時的錄影片段。
台灣傳媒又拍攝到相信是涉案的十多名公務船船員，去到調查局協助調查。
菲律賓海岸防衛隊提交三頁調查報告，指台灣漁船越界捕魚，更撞到浮標，公務船鳴槍警告後，廣大興28號一度停船，菲律賓人員想登船檢查時，漁船突然開動引擎，其後更加速逃離，企圖衝撞公務船，指揮官於是下令射擊引擎，企圖令漁船失去動力，但意外殺死漁民洪石成。
台灣的外交部聯同法務部等部門，邀請多間國際傳媒逐點反駁菲律賓的講法，稱根本找不到漁船有碰撞痕跡，船身的彈孔集中在船艙，有謀殺意圖，違反聯合國海洋公約，要求菲律賓負責。
遇害漁民的兒子強調，是聽到槍聲才匆忙開船逃生，家人批評菲律賓強詞奪理。馬英九總統指責，公務船掃射沒有武裝的漁船，是冷血殺人。
台灣不滿菲律賓的反覆態度，不排除中斷台菲航班往來，以及舉行實彈軍事演習，作為第三輪制裁。
