在日本，海上保安廳申請增加撥款，引進大型巡邏船及直升機，防範保釣人士登島事件重演。
不過，同時政府試圖為釣魚島爭議降溫，副首相岡田克也表示，事件未有影響日中兩國關係。
中日兩國在釣魚島主權問題上僵持不下之際，日本副首相岡田克也試圖為事件降溫。岡田克也表示，爭議引發的緊張關係，是由保釣分子所煽動，但中日政府均冷靜應對，亦未對兩國關係造成損害。
另外，一個日本跨黨派國會議員代表團，可能月底到北京參加中日邦交正常化四十周年紀念活動，藉此修補中日關係。
報道指，代表團約有十人，包括前內閣官房長官仙谷由人，除了出席紀念活動，亦可能與中國領導人會面。
日本政府為事件降溫之外，亦加強防範保釣人士，重演八月的登島事件。日本海上保安廳計劃，引進四艘1000噸級的最新式巡邏船，加強對可疑船隻的監控，又會購入三部中型直升機，及引入最新系統，傳送可疑船隻的影像片段。
位於鹿兒島的第十管區海上保安總部，亦會增加人手，國土交通省已經在預算中，預留100億日圓。
而日本中央政府表示，已經與釣魚島島主栗原家族達成協議，以20.5億日圓，購入釣魚島及附近島嶼後，大批曾經捐錢給東京都知事石原慎太郎支持他購島的民眾，要求東京都政府退款。官員表示，未知道如何處理款項，只是表示如要退款，工程會很浩大。
