在台灣，李登輝前總統涉嫌在職期間，侵吞公款近780萬美元，被當局起訴。特偵組指李登輝毫無悔意，但念及他對台灣的貢獻，會請求量刑。
特偵組經過兩年調查，指李登輝在擔任總統期間，和當時國民黨大掌櫃劉泰英，涉嫌侵佔超過779萬美元，決定以貪污侵佔公有財物罪及洗黑錢罪，起訴兩人。
特偵組指，李登輝當時身為總統，竟然不遵守法律，以洗黑錢方式挪供私人使用，事後毫無悔意。有關控罪最高刑罰為無期徒刑。
88歲的李登輝是繼陳水扁後，第二位被起訴的前總統。他由1988年至2000年擔任總統。今次涉及的國安密帳案，是指1994年李登輝為了捐錢給南非，指示當時經費不足的外交部，向國安局墊支約1000萬美元，為了保密，並無加以記錄。
特偵組表示，李登輝之後將這筆原本需歸還國安局的款項，侵吞了超過779萬美元，並交由當時劉泰英成立台灣綜合研究院。
李登輝知道被起訴後感覺錯愕。他的親信和民進黨都認為，明年一月舉行總統大選，但當局現時才提出起訴，是馬英九總統以司法進行政治鬥爭。
李登輝近年主張放棄馬英九，保著台灣主權，並多次公開力撐民進黨主席蔡英文，有分析認為，由於李登輝在政壇仍有一定影響力，事件會左右總統選舉。
李登輝案件是陳水扁前總統向特偵組舉報揭發的。陳水扁在2000年，從李登輝手上接過總統寶座，由於李登輝任內提出兩國論，被視為支持台獨，與陳水扁理念相近，初時兩人關係不錯，甚至有人稱他們情同父子。
但兩人政見分歧嚴重，陳水扁又偵辦國民黨前大掌櫃劉泰英，結果兩人反目。陳水扁卸任後因為連串弊案而被偵查，於是將李登輝拉下水，一報政治上的恩仇。不過案件最終很可能燒回綠營本身。
因為有爆料天王之稱的立委邱毅，早前公開文件指民進黨主席蔡英文，與李登輝侵吞公款案有關。
文件指，李登輝99年為了研究兩國論，指令國安會設立明德專案，當時蔡英文尚未從政，是政治大學的教授，曾經向國安會秘書長丁渝洲，由明德專案申領262萬元新台幣作為研究費，半年後提交報告，建議台灣以中華台北的名稱，參與國際事務。
蔡英文出戰明年總統大選，李登輝早前亦出面為蔡英文爭取支持，難怪當局這個時候提出起訴，被綠營視為是政治檢控。
